Dalam rangka mendukung visi pembangunan nasional dan visi Kementerian Agama,Visi Kantor Kementerian Agama Kabupaten Gunungkidul periode tahun 2015 - 2019 adalah :

VISI

TERWUJUDNYA MASYARAKAT DAERAH ISTIMEWA
YOGYAKARTA YANG TAAT BERAGAMA, RUKUN, CERDAS, DAN
SEJAHTERA LAHIR BATIN DALAM RANGKA MEWUJUDKAN
INDONESIA YANG BERDAULAT, MANDIRI DAN BERKEPRIBADIAN
BERLANDASKAN GOTONG ROYONG

MISI

1. Meningkatkan pemahaman dan pengamalan ajaran agama.

2. Memantapkan kerukunan intra dan antar umat beragama.

3. Menyediakan pelayanan kehidupan beragama yang merata dan
berkualitas.

4. Meningkatkan pemanfaatan dan kualitas pengelolaan potensi
ekonomi keagamaan.

5. Mewujudkan penyelenggaraan ibadah haji dan umrah yang
berkualitas dan akuntabel.

6. Meningkatkan akses dan kualitas pendidikan umum berciri
agama, pendidikan agama pada satuan pendidikan umum, dan
pendidikan keagamaan.

7. Mewujudkan tatakelola pemerintahan yang bersih, akuntabel,
dan terpercaya.